W celu utrzymania wysokiej jakości procesu edukacyjnego PUNCS tworzy kilkunastoosobową Radę Programową, składająca się z kadry akademickiej, ekspertów i praktyków życia społecznego i gospodarczego z różnych dziedzin. Rada gromadzi się na cyklicznych posiedzeniach w celu merytorycznej oceny programu i efektów procesu edukacyjnego, a następnie przekazuje wnioski zarządowi Instytutu Myśli Schumana. Rada Programowa jest powoływana przez Zarząd Instytutu Myśli Schumana jako organu nadzorczego PUNCS na trzyletnią kadencję. Obecna kadencja Rady rozpoczęła się 13 stycznia 2021 r.